Pokorný spolupracoval s mezinárodní mobilní laboratoří MOLAB. Ještě před samotným restaurováním byl obraz z roku 1634 důkladně nasnímaný speciálním skenerem. Na základě pořízených snímků bylo možné studovat změny provedené umělcem a druhotné zásahy jako tmely a retuše. Zkoumaly se také použité pigmenty.
Během průzkumu odborníci například objevili autorskou změnu malby baretu, místo kterého Rembrandt původně zamýšlel turban. Jedním z dalších překvapivých zjištění bylo, že červený organický pigment, který byl použitý zejména v oblasti stínu knihy, kožešiny pláště a ubrusu, není světlostálý a během staletí se výrazně odbarvil, což zapříčiňuje dnes patrný šedavý tón malby v těchto partiích.
Rembrandtův obraz Učenec ve studovně před (vlevo) a po restaurování.
Na plátně je uplatněný dvojvrstvý podklad, pro Rembrandtovy obrazy typický. Spodní červenohnědá vrstva je pokryta slabým nátěrem šedivého tonu. Na tomto barevném základě je pak vystavena samotná malba. Nejprve si umělec rozvrhl celou kompozici v hnědošedé podmalbě. Finální malba je pak rozehraná v druhém kroku. Rembrandt začal malbou pozadí, pak následovala drapérie tmavého pláště a až jako poslední byly provedeny inkarnáty.
V rámci zásahu restaurátor sejmul svrchní syntetický lak. Spodní stará laková vrstva byla ovšem ponechána, aby byla zachována patina přiznávající téměř čtyřsetleté stáří obrazu. Dále byly odstraněny veškeré retuše a rušivé tmely z předešlého restaurátorského zásahu.
